Великая Отечественная война 1941-1945 годов явилась суровым испытанием для органов государственной безопасности. Неподготовленные к работе в военное время, в условиях острой нехватки кадров и технических средств, советским контрразведчикам пришлось перестраиваться на ходу. Тем не менее, именно в годы войны проявились лучшие качества чекистов: отвага, верность долгу, оперативный риск, эффективность разведывательных и контрразведывательных действий по внедрению в агентурную сеть и систему разведывательно-диверсионных структур противника. Владимир Пнёв специально для Pan Pacific Agency.
Органы госбезопасности в сравнительно короткие сроки перестроили свою работу применительно к условиям военного времени, выработали новые формы и методы борьбы с подрывной деятельностью спецслужб фашистской Германии и ее союзников. В зоне боевых действий Красной Армии военные контрразведчики создали действенную систему мер борьбы с агентами противника, внеся значительный вклад в победу советского народа, ограждая наши Вооруженные Силы от вражеских шпионов, диверсантов, террористов, оберегая от противника оперативные планы советского командования.
Несмотря на заключенный в апреле 1941 года договор о ненападении, японское милитаристское правительство тайно готовилось к войне против СССР. Японский генштаб собирал военные, политические и экономические шпионские данные о войсках и оборонных объектах на советском Дальнем Востоке. Основным руководящим органом японской разведки и контрразведки на территории Манчжурии являлся 2-й отдел штаба Квантунской армии, дислоцированный в г. Чанчуне, бывшей столице Маньчжоу-Го.
Органы госбезопасности еще до начала войны с Японией располагали данными о структуре, дислокации и подрывной деятельности японских разведорганов, были осведомлены о местонахождении главарей антисоветских организаций и снабжены списками лиц, подлежащих розыску и аресту. Это значительно облегчало работу и делало ее более целеустремленной. Например, чекистам было известно, что бывший атаман Семенов постоянно проживал в поселке Какасаши в 20 км от г. Дальнего. Для его захвата туда были направлены вместе с передовыми частями Красной Армии оперативные работники отдела ВКР 6-й танковой армии, которые 25 августа 1945 г. задержали Семенова в г. Дальнем (Далянь).
Оперативно-чекистские группы вместе с десантами и передовыми частями Красной Армии вступали в города и крупные населенные пункты, прежде всего туда, где дислоцировались японские разведслужбы, захватывали помещения бывших японских разведывательных и полицейских органов, различных белоэмигрантских организаций. Захваченные архивные документы японской разведки и белоэмигрантских организаций давали возможность выявлять и задерживать официальных сотрудников и агентов японской разведки. Также были установлены японские резидентуры, действовавшие в Советском Союзе, выявлены лица, переброшенные на советскую территорию для шпионской деятельности или завербованные в СССР. Например, при занятии частями Красной Армии станции Манчжурия оперативная группа отдела контрразведки «Смерш» 36-й армии обнаружила среди захваченных трофейных документов схему организации шпионской сети, по которой было определено, что один из японских резидентов имеет агентов в ряде пунктов маньчжурской ветки Забайкальской железной дороги. Все эти агенты были арестованы.
Наряду с осуществлением контрразведывательных мероприятий оперативные группы чекисты принимали участие в дезинформации противника, что в определенной мере способствовало успешному проведению боевых операций против агрессивных действий японских империалистов.
На освобожденной Красной Армией территории оперативные группы вели контрразведывательную работу, занимались фильтрацией японских военнопленных, приобретали среди них агентов с целью последующего вывода в Японию. В результате разоблачен ряд японских разведчиков и агентов, захвачена часть архивов японских военных и военно-морских миссий, выявлены и обезврежены участники крупного диверсионного отряда «Асано» При проведении фильтрационных мероприятий в лагерях и на пунктах сбора военнопленных Квантунской и Маньчжурской армий с помощью агентов-опознавателей удалось выявить и задержать официальных сотрудников японских разведорганов и их агентов, в том числе начальника Хайларской военной миссии Амано, начальника военной миссии в г. Цицикаре Танако и других.
Органы госбезопасности арестовали ряд руководящих работников Харбинской миссии, в том числе ее руководителя генерала Янагита, непримиримого врага Советской власти Бакшеева – заместителя атамана Семенова, почти весь руководящий состав «Российского фашистского союза» во главе с Родзаевским, руководящую верхушку «Бюро по делам российских эмигрантов» и его периферийных отделений, а также немало агентов японской разведки.
В результате разгрома империалистической Японии были полностью ликвидированы японские разведывательные органы в Манчжурии, на Южном Сахалине и в Северной Корее, а также антисоветские белоэмигрантские центры.
В упорном и длительном противоборстве с мощной разведывательно-подрывной машиной фашистской Германии и спецслужбами милитаристской Японии военные чекисты, беспредельно преданные своей Родине, с честью выполнили стоявшие перед ними задачи, проявляя массовый героизм, показывая образцы беспримерного мужества и отваги при выполнении боевых и оперативных заданий, что способствовало Победе советского народа во Второй мировой войне.